Комплексная реконструкция и техническое перевооружение подстанции ведётся в рамках инвестиционной программы ОАО «ФСК ЕЭС». Генеральным проектировщиком  выступает ОАО «СевЗап НТЦ» - проектный центр, также входящий в состав «Энергостройинвест-Холдинга».

Подстанция будет оснащена современным электротехническим оборудованием, системами релейной защиты и противоаварийной автоматики (РЗА и ПА), автоматизированной системой управления технологическим процессом (АСУ ТП), а также необходимыми системами связи и безопасности. Современное оборудование КРУЭ 220 кВ обладает высокими техническими и эксплуатационными характеристиками, является основой обновленной ПС 220 кВ «Вологда-Южная», которая станет первым объектом вологодской энергосистемы, отвечающим всем современным требованиям заказчика – ОАО «ФСК ЕЭС» - к трансформаторным подстанциям такого класса.

К настоящему времени генеральный подрядчик (ООО «Новая Инжиниринговая Компания») завершил работы по возведению основных подстанционных зданий и сооружений на новой площадке ПС 220 кВ «Вологда-Южная», прилегающей к территории действующей подстанции. Построенная в 1962 году старая подстанция уже выработала свой ресурс и после окончания работ и ввода в строй нового оборудования будет полностью демонтирована.